La cárcel estaba situada al sur de Almadén. Estaba formada por dos naves, dividida cada una por ocho postes de ladrillos arqueados en que cargaban las maderas del techo. A lo largo de estas naves corría, por ambos laterales, un poyo de más de una tercia de alto. Sobre él hacían sus camas los presidiarios, a los que, una vez acostados, se ensartaban en una larga y gruesa cadena para mayor seguridad. Se encontraba dentro de un recinto murado, con un patio espacioso, y en el centro una cisterna sostenida por once arcos, con una bajada cómoda y cerrada, como su boca principal, con fuertes rejas. Al Este de la Cárcel, y adherida a ella, está la iglesia parroquial de San Miguel Arcángel, cuyo altar mayor se ve por una grande y espesa celosía de hierro, desde la que asisten a misa los detenidos en los días de fiesta.

Entre los dos edificios contiguos y la muralla que los circunda, hay un espacio de 6 a 7 metros en todo el perímetro; y en su lado Norte existen casas habitadas, cuarteles para la guarnición reducida a 40 o 50 guardias.

En 1644 Mateo Naguelio construyó una galería que comunicaba la cárcel con la Mina del Pozo y se pretendía evitar las fugas, pues los presos pasaban a la mina desde la cárcel sin salir al exterior. A esta galería la llamaban «crujía», que era el paso que había en las galeras y comunicaba el barco de popa a proa.