Tras largo periodo de explotación por los Fúcares, nombre con que se conocían popularmente los Fugger, la mina quedó en mal estado, favoreciendo el hundimiento y la imposibilidad de explotar de forma rentable los tajos.

Para solventar estos problemas se puso al frente de la Mina al Conde de Molina, que acometió la restauración de las labores.

En 1699 se habían descubierto tres nuevas minas. Dos de ellas La Mina del Castillo y la del Pozo se encontraban en el término de Almadén y la tercera, Mina de la Concepción, se descubre en Almadenejos.

Tras la recuperación de la producción con la puesta en marcha de las nuevas minas, se produce una de las mayores catástrofes de estas minas, el 7 de enero de 1755, a las 8 de la tarde comienza el mayor incendio de la historia de las minas de Almadén «que no fueron capaces de apagar las insistentes rogativas novenas de quienes confiaron más en la fuerza del Todopoderoso que en los medios materiales para apagar el fuego».

El incendio que duró mas de dos años, permitió a su vez intensificar otras labores como la de la mina de Almadenejos, la construcción de la muralla que rodea esta población, entre 1756 y 1759.

En cierto modo este incendio provocó algunos cambios tanto en la forma de trabajar como de pensar:

«Hasta entonces no había penetrado en aquellos laberintos la luz de la inteligencia del acierto, necesario fue para esto, el voraz incendio de que durante dos años fue presa la Contramina.

La inundación de las labores y los numerosos hundimientos que naturalmente debieron originarse después de la destrucción de las entibaciones, fueron las consecuencias inevitables de este incendio, que debía de cerrarnos para siempre las puertas de aquellos subterráneos. El escrutinio de la Ciencia no podrá jamás examinar aquel montón de escombros y cenizas, verdadera necrópolis donde yace sepultada la historia de dos siglos».

Una consecuencia de todo esto sería la prohibición de entibar definitivamente con madera, siendo obligatoria la construcción de bóvedas de ladrillo o mampostería, intensificándose la fortificación de las minas.

Se introducen algunas modificaciones en los sistemas de achique y surgen, junto a los tornos, las bombas aspirantes manuales, muy primitivas, tal como refleja Agustín de Betancourt en sus Memorias.

Para intentar suplir la falta de personal cualificado, manda crear Carlos III, en 1777, la Escuela de Minas de Almadén, dirigida por el superintendente Storr.

En 1779 Pedro Sánchez Aparicio descubre la mina Nueva Concepción en Almadenejos, localizándose en 1794 un filón de gran riqueza a unas 30 varas de profundidad.

En 1799 se construyen los Pozos de San Teodoro y San Aquilino. A la vez se instala la máquina de vapor para efectuar el desagüe.

En 1803 es nombrado director D. Diego de Larrañaga, que establece su famoso sistema de explotación, sustituyendo la entibación de madera por mampostería.

Durante las guerras carlistas, Almadén sufre algunas acometidas y su producción se ve momentáneamente interrumpida, retomándose su producción una vez restaurado el orden.

El 4 de julio de 1825 por R.D. las Minas de Almadén pasan a formar parte de la Dirección General de Minas

El 7 de Junio de 1834 se firma el contrato de arriendo con los Rothschild, y durante su vigencia se produjeron diversos acontecimientos de firmas y restricciones modificaciones hasta que el 23 de Diciembre de 1918 se crea el Consejo de Administración de las Minas de Almadén y Arrayanes, expirando el contrato con los Rothschild el 31 de Diciembre de 1921.

En 1954 se implantan los actuales hornos Pacific y el método de explotación de Corte y Relleno, que permite la recuperación total de la masa mineralizada. Como la ley del mineral desciende en profundidad, las plantas de la mina de Almadén, que distaban 25 m. una de otra, pasa a estar a 50 metros a partir de la planta 15.

En la década de 1970 comienza la crisis del mercurio. El efecto inmediato es la mecanización de la mina para reducir mano de obra.

En el siglo XX, el Pozo de San Aquilino llega hasta la planta 9, pero antes del accidente de 1955 llegaba a la 14. En este accidente murieron al bajar por el pozo dos trabajadores.

El Pozo de San Joaquín posee una profundidad de 675 metros. La última planta abierta es la 23 y en proyecto está la 25. Actualmente todos los pozos están sellados ante el cierre en la actividad minera.

El Pozo de San Teodoro o Pozo Maestro, fue el principal de la mina hasta 1975, en que fue sustituido por San Joaquín como pozo de extracción. Tiene 19 plantas y unos 500 metros. En 1991 todavía daba servicio, pero como se ha dicho anteriormente, en la actualidad se ha paralizado toda actividad.

El Pozo San Miguel, sólo funciona como pozo de ventilación aspirante y dispone de dos visibles chimeneas exteriores. Tiene 19 plantas y no está dotado de enganches