Fruto de las mismas mejoras que dieron pie a la construcción de la Cárcel, fueron en parte motivo para su cierre como presidio para esclavos.
Continua la concienciación o necesidad de la Corona y manda que se contraten a Ingenieros centroeuropeos pioneros en estas materias (Köehler, Störr, Hoppensack o Mayer), y en esa misma línea se crea con la fundación de la Academia de Minas en 1777 al frente de la cual se pone otro alemán E. Cristobal Storr.
El 22 de Mayo de 1799 el Rey resolvió, a petición de la Junta de Gobierno de las Minas de Almadén, no se condenase reo alguno al presidio y trabajos de aquellas minas.
El Presidio fue extinguido por R.D. de 8 de Agosto de 1800, posteriormente pasó a ser en el siglo XIX Prisión Provincial; después, entre los años 1941 a 1969 fue un almacén de trigo; para ser demolida el 5 de Mayo del año 1969.
En el solar que allí quedó se construyó la actual Escuela de Ingeniería Minera e Industrial, perteneciente a la Universidad de Castilla-La Mancha.
La cárcel, durante su vida tuvo varios nombres: Penal, Cárcel del Partido, Cárcel de Forzados, Real Cárcel, Cárcel Nueva, Cárcel de Galeras.
El significado de la cárcel en Almadén fue importante sobre todo para el impulso que le dio a los trabajos en la mina ya que se llegaron a utilizar hasta doscientos esclavos cuando la falta de mano de obra se hacía patente por aquellos tiempos.
En los años 40 del pasado siglo XX, el uso de la cárcel fue de acuartelamiento de tropas y prisión política. Antes de su demolición a finales de los años 60 se utilizó como silo o almacén de grano del Servicio Nacional de Cereales.