Bacterias alteradas para convertirlas en factorías químicas controladas por luz.

Me gusta la ciencia ficción. Siempre lo ha hecho y junto con la ciencia es una de mis actividades favoritas. Hace algunos años, cuando empezaba a leer ciencia ficción, se imaginaban sistemas de tamaños planetarios para fabricar cosas, porque leía sobre todo obras escritas en los 70 y 80. Cuando me acerqué más a las obras escritas en los 90, comencé a ver que había autores que imaginaban no grandes factorías o fábricas para producir los bienes físicos que necesitamos o nos gustan, sino pequeñas. De tamaño celular, de hecho. Se imaginaban que mediante nanorobots o células alteradas genéticamente, produciríamos una gran cantidad de productos en estos sistemas pequeños, abaratando y simplificando considerablemente su producción. Los resultados que este artículo presenta nos acercan definitivamente a esa idea, pero sin manipulación genética.

Lo que han logrado es hacer que bacterias que normalmente sintetizan hidrocarburos basadas en el consumo de azúcares puedan producir esos mismos hidrocarburos basándose en la exposición a luz. Comienzan en la introducción diciendo que intentos previos de lograr el uso de estos microbios para la producción de hidrocarburos mediante energía solar se basaron en la purificación y refino de las enzimas necesarias y su uso fuera de las células, pero que este sistema no permitía la renovación que se da en el interior de la célula de las enzimas, con lo que su duración es limitada.

Otra estrategia empleada anteriormente consistió en el uso de cepas específicas dentro de las bacteria para producir los químicos deseados, pero así se limita el rango de productos a producir además de que hay problemas debido a la toxicidad de estos productos para las células en si.

Los autores comentan que ha habido una investigación muy activa tratando de encontrar la manera de activar rutas enzimáticas definidas dentro de la célula desde fuera, usando campos magnéticos, luz y otros métodos no demasiado invasivos de interacción exterior con las células objetivo.

Y ellos lo han logrado, como se muestra en la siguiente figura:

Uso de bacterias para fabricación de diversos productos químicos usando como materias primas agua, luz y aire mediante la selectividad por puntos cuánticos(1). Además, se puede seleccionar el producto de salida deseado según la longitud de onda empleada. El arco iris de la derecha es la selectividad de cada punto cuántico a un color específico, que selecciona el producto de salida. Adaptado de la fig. 1 del artículo citado.

Como indica la figura, las materias primas a emplear son siempre las mismas: agua,luz y aire. Lo que cambia en función de la longitud de onda(el color) de la luz con la que se ilumina el grupo de bacterias es el producto de salida. Es importante resaltar que las bacterias empleadas en esta investigación no realizan la fotosíntesis de manera natural, es decir, no usan la luz del sol para producir ningún elemento químico de los que necesitan, empleando en su lugar azúcares. Por otra parte, debido a la naturaleza biológica de la formación de los productos, su eficiencia no pasa del 15 – 18 %, pero la falta de residuos peligrosos en su formación y facilidad de uso y manipulación compensan el problema de la falta de eficiencia.

Por otra parte, como su método no precisa de la manipulación genética de las enzimas, en principio podría usarse para activar funciones concretas de las células tanto para poder investigar esas funciones como para generar terapias concretas.

El esquema general está basado en el uso de puntos cuánticos(1) con una alta selectividad doble. Por un lado, a una longitud de onda o color específico, y por otro, a una región enzimática de la bacteria concreta. Así, al rodear el ambiente de la bacteria con puntos cuánticos concretos, éstos se unen a zonas específicas de las enzimas de su interior, lo que cuando el nanopunto se excita por la luz de su longitud de onda escogida, activa la enzima para la producción del producto químico deseado.

Por lo tanto, lo primero que hicieron los investigadores fue hacer una cuidadosa selección de los nanopuntos, basándose tanto en su tamaño, directamente relacionado con la longitud de onda a la que son sensibles, como su cubierta y formas externas, que generan una selectividad del nanopunto por enzimas específicas dentro de la bacteria.

Luego, comprobaron que los nanopuntos que habían encontrado se fijaban dónde querían sintetizando el producto en el laboratorio y viendo que los puntos cuánticos se fijaban a ese producto sólo. Usando otros nanopuntos distintos, también biocompatibles y con capacidad de penetrar la pared celular, pero con una selectividad distinta comprobaron que sólo los que ellos se habían diseñado se fijaban dentro de la célula al lugar escogido. Los nanopuntos que seleccionaron están compuestos por Cadmio y azufre con un recubrimiento de zinc y azufre, lo que favoreció su selectividad con la enzima que necesitaban, como se observa en la figura siguiente:

Representación de la unión selectiva de los nanopuntos escogidos a la enzima objetivo. Se observa que se seleccionan a través de la zona exterior de la enzima. Adaptado de la fig. (2) del artículo citado.

Lo que se observa en la figura es que al escoger la composición, forma y tamaño de los nanopuntos, fueron capaces de seleccionar muy bien la parte de la enzima a la que se ligaban los nanopuntos.

El artículo continúa explicando los diverso métodos empleados para confirmar que la ligazón de los nanopuntos se produjo sólo con las enzimas seleccionadas, desde comprobar que se producían los productos seleccionados según la ruta metabólica prevista con la adicción al agua en la que estaban las bacterias productos que interrumpen esa ruta y comprobar que así se paraba la producción, hasta comprobaciones en el laboratorio de la ligazón mediante técnicas de espectroscopía que permiten comprobar si hay o no determinados enlaces químicos presentes en la muestra.

También es muy importante comprobar que las bacterias que absorben los puntos cuánticos no se mueren, son viables a pesar de su presencia en el interior de las células. Para ello, los científicos autores de este experimento emplearon varios métodos. Primero, comprobaron el crecimiento celular tras aumentar la concentración de los nanopuntos en su entorno y observaron que con aquellos que se diseñaron correctamente, las células apenas inhibían su crecimiento, mientras que con otro tipo de nanopuntos acababan parando el crecimiento de las bacterias, como muestra la siguiente figura:

Inhibición del crecimiento (izquierda) y viabilidad(derecha) de las células en función de la concentración de las nanoestructuras. Adaptado del artículo citado.

Tanto la supervivencia de las células como su crecimiento indican que los nanopuntos que fabricaron no impiden que las células se reproduzcan. El empleo de otro tipo de comprobaciones les llevó a la misma conclusión: los puntos cuánticos diseñados adecuadamente no le causan problemas en su crecimiento o supervivencia.

Luego comprobaron que, efectivamente, la producción de los productos que querían se hacía tras activar las células con la luz adecuada. Y vieron que al iluminar las bacterias que estaban en el medio con los nanopuntos adecuados, produjeron amoniaco y que al dejar las bacterias en una atmósfera de argón, que no permite la producción de amoniaco, no lo producían, como se ve en la figura siguiente:

Producción de amoniaco y etano, según la bacteria, en función del tipo de nanopuntos (arriba) y de la atmósfera en la que estén las bacterias(abajo). Adpatado de la fig. (4) del artículo citado.

La producción de amoniaco y etano aumenta con los nanopuntos adecuados y sólo si hay la materia prima necesaria, indicando por lo tanto que se producen en el interior de la célula siguiendo las rutas metabólicas previstas.

Después de demostrar que saben cómo lograr que las bacterias produzcan los productos que ellos quieren mediante estos dos productos finales, ajustaron los nanopuntos para que fueran sensibles a distintas longitudes de onda y produjeron diversos productos finales, viendo que los rendimientos obtenidos eran una clara función de la facilidades de la propia ruta metabólica en el interior de la célula para fabricar estos productos: si bien las bacterias son fábricas muy versátiles, esta versatilidad no es infinita, por lo que si la bacteria no tiene los instrumentos para producir un determinado compuesto, es decir, las rutas metabólicas necesarias en su interior, pues no puede producirlo.

La verdad es que es un resultado impresionante, sobre todo por las posibilidades que ofrece: si realmente se puede escoger un gran conjunto de materiales a producir con el mismo tipo de bacterias según los materiales disueltos en su medio de cultivo, se puede soñar con generar fábricas de producción a la carta simplemente cambiando el nanopolvo disuelto y la luz con la que se ilumina.

El artículo original está publicado en la revista Journal of American Chemical Society, J. Am. Chem. Soc. 2019, 141, 26, 10272–10282.

(1)Punto cuántico o nanopolvo: Estructura tridimensional tan pequeña que se comporta como un pozo cuántico, con una altísima selectividad a una frecuencia de la luz de terminada, que absorbe o emite.

Hacernos más jóvenes es posible, sin magia pero con medicamentos.

Debido tanto a su interés intrínseco (¿quién no querría ser más joven o incluso revertir los estragos del tiempo?) tanto económico y social (dado que la sociedad en su conjunto aumenta su edad, parece una buena idea tratar de lograr que esta vejez sea cada vez más activa, menos «pupas», vaya) el estudio de procesos para revertir o minimizar los efectos de la vejez en el cuerpo humano son numerosos.

Hace cerca de un año unos investigadores han encontrado una combinación de medicamentos capaces de revertir el reloj biológico, produciendo cambios epigenéticos(1) en el cuerpo humano de los diez participantes en el experimento.

En el artículo, comienzan diciendo la importancia de ser capaz de tratar de revertir de alguna manera los efectos de la edad en las poblaciones adultas humanas, debido a su incremento en el mundo desarrollado. Lo cierto es que en todo el mundo, incluido en mundo en desarrollo, el porcentaje de población mayor se incrementa de manera sostenida en los últimos años, como demuestran las pirámides de población del artículo de la web Our World in Data.

Tras citar algunas de las últimas investigaciones que dieron como resultado productos o sistemas capaces de revertir algunos de los efectos de la edad, afirman que el problema es que hasta ahora no hay ningún trabajo publicado que demuestre un efecto de reversión de la edad epigenética(2).

Además, comentan que aquellos mayores que viven muchos años no presentan en años posteriores a los 63 una involución del timo, la glándula que permite la maduración de las células T, los centinelas imprescindibles del sistema inmunológico, sin los cuales la prevalencia de cánceres y todo tipo de enfermedades comienzan a proliferar. De hecho, en el artículo comentan que la involución del timo está asociada directamente al aumento muy fuerte de todas estas enfermedades en adultos mayores.

Por ello, y baśandose en evidencia previa que indicaba que la hormona humana del crecimiento paraba la involución del timo y que de hecho promovía su desarrollo, y para evitar el conocido efecto de la hormona del crecimiento proporcionada a adultos del aumento de la diabetes, combinaron esta hormona del crecimiento con otras dos sustancias.

Estas sustancias, llamadas DHEA y metformina, fueron escogidas por sus efectos regulatorios en la insulina en sangre, motivo por el que se recetan hoy en día.

En la sección de resultados comienzan por describir todos los posibles efectos secundarios negativos que esta combinación de medicamentos podrían tener. No fueron capaces de observar ninguno, y no sería por que no lo buscaran. Trataron de observar el comportamiento de indicadores de cáncer, inflamaciones internas y un montón de otros indicadores que certifican la buena salud. Todos ellos mejoraron o se mantuvieron constantes a lo largo del año de prueba. En cuanto a efectos secundarios en sí, se observaron los típicos de la administración de estas sustancias, que no son demasiado preocupantes.

El efecto en el timo también fue muy bueno, porque en todos los casos se observó un aumento de su cantidad de grasa marrón, que es la que estimula la maduración de las células T. Además, este aumento es mayor cuanto menor sea la cantidad inicial, de forma que realmente revierte los efectos en el cuerpo de tóxicos u otros factores epigenéticos.

Después de describir el efecto, también positivo, del tratamiento sobre todo el sistema inmunológico, pasa a comentar la reducción de la edad epigenética en los participantes en el ensayo. Se observó, como indica la figura de abajo una reducción media de unos dos años en esta edad epigenética tras un año de tratamiento.

Cambio observado en la edad epigenética de los participantes en el experimento en función de los meses desde el inicio del mismo. De la figura 5 (d) del artículo citado al final de esta entrada.

El artículo continua con una sección de interpretación médica de estos resultados, donde resaltan que el efecto buscado de aumento de la función del timo tiene como magnífico (e inesperado) efecto secundario la reversión de múltiples y variados indicadores de senectud o vejez en todos los participantes del estudio.

También discuten los posibles mecanismos por los que se produce esta reversión, pero me parecen excesivamente técnicos para resumirlos aquí. Sin embargo, comenta algo muy importante, a mi juicio. Dicen que los efectos de reducción de edad epigenética son persistentes después de la finalización del experimento, al menos durante los meses posteriores al estudio y dicen que sería interesante comprobar si estos efectos se prolongan más en el tiempo o no, porque por el diseño del mismo, su experimento no ha podido comprobar este punto.

Obviamente, antes de ponernos a chutarnos este cóctel de medicinas como locos, tendrán que hacerse más ensayos clínicos generalizados en un número mayor de pacientes. Sólo diez adultos, y todos ellos hombres, no es un número muy alto que se diga.

El artículo se publicó en abierto en la revista Agin Cell, en el volumen 18 de diciembre de 2019. El enlace al artículo es este.

(1) Epigenético: Cambios que se producen en la expresión del código ADN de cada organismo, pero sin modificar el ADN mismo. Generalmente está asociado a cambios producidos como consecuencia de alteraciones del ambiente que rodea al ser vivo.

(2) Edad epigenética: Un marcador que se emplea para predecir los años de vida que le quedan a un ser vivo, mucho más fiable que la edad natural. Un ser vivo de edad epigenética menor, vivirá más años y en mejor estado de salud general que otro de edad epigenética mayor, pero más joven.

Resuelto el misterio del vuelo de la semilla del diente de león.

El Diente de león es una planta que muchísima gente conoce por su amplia presencia: es una de las plantas perennes más presente en el mundo.

Uno de los elementos más hemoso de la misma es su corona llena de semillas que al soplar con suavidad se dispersan hasta distancias realmente lejanas. Según el artículo citado al final de esta entrada, si bien generalmente llegan hasta unos 2 metros, ¡a veces pueden viajar hasta 150 km!

Y una cuestión que los autores del artículo quisieron plantearse es ¿cómo lo hacen? Es decir, quisieron encontrar qué tipo de estructuras y formas de trayectorias del aire a través de la semilla colaboran en su dispersión. El tipo de semillas de los dientes de león no es tan raro en la naturaleza, y se conocen en general como semillas con vilano, que es la estructura plumosa que sostiene al resto de la estructura: el «palo» central del que cuelga la semilla.

Para poder estudiar esta estructura, tuvieron que construir un túnel de viento especial en el que poder colocar la semilla y observar las corrientes y trayectorias del aire por la forma tan especial de la semilla del diente de león.

Los resultados, además de muy bonitos visualmente, son impresionantes, porque la estructura que se observa es un vórtice separado del vilano. Y lo curioso e impresionante es que el vórtice esté separado y en una región estable. Es algo bien sabido que los objetos sólidos al moverse en un medio fluido, como el aire, generan vórtices. Pero los conocidos hasta ahora eran de dos tipos principales: o bien el vórtice se «pegaba» al sólido, o bien se separaba del mismo en la parte de atrás, para perderse en flujos turbulentos. En el caso de las semillas de diente de león, no hace ni una cosa ni la otra: está formando una estructura estable cerca del vilano, colaborando a su empuje.

La imagen siguiente muestra precisamente ese comportamiento, tanto para la propia semilla, como para un disco plano poroso, que reproduce, más o menos, ese comportamiento.

Imágenes sobre el vórtice generado por una semilla de diente de león. a) Estructura del diente de león, con la vilano(pappus, en inglés), señalado. b) Vilano. c) Uno de los pelos del vilano. d) Esquema del montaje experimental. e) y f) Vórtice que se genera en la semilla, con el viento moviéndose a 0 y 60º de orientación del mismo. g) Vórtice habitual de un disco plano. h) Vórtice del mismo tipo de disco, pero poroso.
De la figura 1 del artículo citado.

Una de las cosas que no está clara es cómo puede afectar tanto al vórtice generado un objeto tan poco sólido. Es decir, el vilano de estas semillas tiene un grado de porosidad muy grande, 0,92 +- 0,08 según el artículo, que en principio, dificulta la transformación del flujo que pasa a través del mismo.

Pero estas semillas tienen un componente importante. Como se puede observar en la figura, cada pelo tiene una estructura muy rugosa, que implica que la capa límite(1) que hace a su alrededor es muy gruesa, tanto que interacción con la de los otros pelos situados a su alrededor, formando un volumen por el que no pasa aire, incrementando notablemente el empuje de la semilla, según pudieron observar en simulaciones los autores del artículo.

De hecho, cálculos sobre el coeficiente de arrastre de la semilla indican un valor 39 +- 5 cm/s, mucho más alto del que puede tener un disco, como se muestra en la siguiente figura:

Coeficiente de arrastre de la semilla respecto del de un disco plano. La diferencia es muy fuerte a favor de las semillas, lo que facilita su dispersión.
De la figura 2 del artículo citado.

En la continuación de sus experimentos, observaron que la formación de este vórtice circular no duraba a lo largo de todos los valores del número de Reynolds(2), si no que había un valor crítico para el mismo a partir del cual se pierde el vórtice. Comprobaciones realizadas por los científicos sobre qué valores tomaba ese valor crítico en función de la porosidad se pueden resumir en la siguiente imagen, donde se observa que para valores del número de Reynolds debajo del crítico por encima del crítico, no se puede generar este vórtice:

Frontera del número de Reynolds que genera el vórtice separado, para el disco poroso(a) y un aumento de otra parte más pequeña(b).
De la figura 4 del artículo citado.

El artículo termina haciendo una revisión del mismo tipo de mecanismos para otros seres del mundo animal, especialmente pequeños insectos.

El artículo esa disponible en la dirección:

Nature volume 562, pages414–418 (2018)

(1) Capa límite: Cuando un sólido se sitúa en una corriente de fluido, se puede observar que suficientemente alejados del sólido, el flujo del fluido no se ve afectado por el sólido. La superficie alrededor del sólido donde se observan cambios en el flujo del fluido es lo que se llama «capa límite». El artículo de la Wikipedia es bastan bueno: capa límite (Wikipedia)

(2) Número de Reynolds: Una cantidad adimensional que relaciona las energías debido al rozamiento con el fluido y la debida a la velocidad. En el caso de este artículo, se escribe como UD/v, con U la velocidad del aire, D el diámetro del vilano y v la viscosidad del mismo. El artículo de la Wikipedia es bueno: número de Reynolds (Wikipedia)

Utilización eficiente de luz solar para lograr temperaturas medias

En una investigación publicada en la revista ACS Nano en el año 2019, unos investigadores lograron emplear aerogeles(1) para poder generar temperaturas medias usando luz solar, cerca de 200 ºC, sin necesidad de concentrarla ni de sistemas de vacío.

Como ellos mismos explican en la introducción, debido al uso de combustibles fósiles por parte de la humanidad hemos cambiado lo suficiente la composición de gases de la atmósfera como para cambiar la capacidad de la misma de absorber y emitir luz solar, provocando su calentamiento. Lo que se suele llamar «efecto invernadero».

Pero este efecto no tiene porqué ser negativo si no calentamos toda la Tierra, pero sólo un volumen muy limitado y mucho más. En ese caso, tendríamos un sistema llamado termo-solar, capaz de calentar un volumen hasta temperaturas del orden de 120 o 220 ºC, que es muy útil en muchas aplicaciones básicas: calefacción, cocina, etc.

Hasta ahora, la mayoría de los sistemas de este estilo tenían bastante complejidad. La razón es que para poder usar la relativamente baja poca potencia del Sol sin concentrar (~1 kW/m²), se usaban concentradores solares. Pero estos dispositivos son caros y tiene que realizar un seguimiento de la posición del Sol para poder enfocar correctamente la luz. Y de hecho, según afirman en el artículo sistemas de última generación de este tipo demostraron su capacidad para generar vapor de agua. Pero todos estos sistemas están sujetos a las pérdidas producidas por los fenómenos de conducción, convección y radiación. Los aerogeles no tienen estos problemas, dado que apenas conducen el calor, no radian el infrarrojo por su estructura interna, que impide que con grosores considerables la radiación infrarroja pase, y al no ser un fluido no pueden transmitir radiación por convección, puesto que sus partículas no se mueven.

Por supuesto, en general, todas estas ventajas tiene un grave problema: su estructura interna los hace también muy poco transparentes, con altísimos coeficientes de dispersión de luz solar que impiden su uso como elementos fundamentales de un colector solar. Hasta ahora.

La clave está en modificar el tamaño de los nanogranos que forman el aerogel, reduciéndolo para aumentar su transparencia.

El artículo explica un poco el fundamento de los colectores solares, introduciendo para ello el concepto de «selectividad de invernadero»(2), es decir, como se observa en la siguiente figura, la capacidad de permitir el paso de las longitudes de onda del visible e impedir que circulen las longitudes de onda infrarroja.

Concepto de selectividad de invernadero. La «Optical depth» del eje izquierdo es la capacidad del material de permitir el paso de la longitud de onda del eje horizontal. Cuanto más grande, menos deja pasar. (Del artículo citado.)

Como se observa en la figura, si un determinado material permite que la luz visible pase a través suyo, mientras que impide el paso de la radiación infrarroja, con el tiempo se acabará calentando mucho más que el ambiente. Este proceso permitirá que el objeto situado justo debajo del material pueda transferir este calor. Los sistemas más habituales de lograr este material consisten en la modificación estructural y acumulación de diversas capas de materiales, todos ellos complicados. Por ejemplo, estrategias empeladas anteriormente, según cuentan en el artículo, han sido acumulación de múltiples capas de metal-conductor, cristales fotónicos(3) y otros.

Con el uso de los aerogeles, la selectividad de longitudes de onda se obtiene por la acumulación de volumen de material. El aerogel tiene permite el paso de luz solar, pero las longitudes de onda más largas del infrarrojo se ven dispersadas en volúmenes relativamente grandes del material, lo que provoca que no puedan atravesarlo.

La clave está en que lograron hacer un aerogel de baja dispersión y alta transparencia para la luz visible. Como explican en el artículo, debido a su estructura interna nanoporosa y la falta de movimiento de sus partículas, son grandes aislantes, dado que eliminan a la vez la posibilidad de conducción por el sólido, por los nanoporos, y la convección gaseosa, por la falta de movimiento de los mismos. Sin embargo, esa misma estructura provoca que los aerogeles normales dispersen una gran cantidad de luz visible y ultravioleta, dándoles su característico color azulado.

Lo cierto es que la dispersión de la luz visible se debe sobre todo al tamaño de los nanoporos del aerogel, mientras que la falta de transmisión del infrarrojo se debe a su densidad, ofreciendo la oportunidad que los autores del artículo aprovecharon, de ajustar una sola independientemente.

Para poder modificar el tamaño de los poros del aerogel, tuvieron que desarrollar una nueva manera de sintetizar el material, mediante modificaciones de la composición de los disolventes que emplearon. El resultado final es que su aerogel tiene una transmitancia del 95% con 10 mm de ancho.

Con este material construyeron un prototipo de convertidor solar que está esquematizado en la siguiente figura:

Prototipo del convertidor solar donde de observe el aerogel de baja dispersión como elemento aislante. El «blackbody absorber» es una pintura especial, que simultáneamente absorbe todo el espectro visible y aguanta altas temperaturas. (Del artículo citado)

Con esta estructura lograron una temperatura estable máxima, que la temperatura por debajo de la cual se puede extraer calor, de 265 ºC. Este valor es unos 100 ºC más alto de lo que se puede conseguir con aerogeles no optimizados y comparable a otro tipo de convertidores, con sistemas de vacío y superficies muy complicadas. Para comprobar como funcionaba en condiciones de campo, hicieron un pequeño sistema que obtuvo los resultados de la siguiente figura:

Temperatura en el colector solar e irradiancia solar a lo largo de la mañana. Se consigue mantener el calor a pesar de la presencia abundante de nubes en la última parte la misma. La temperatura externa es la línea punteada cerca de los 0 ºC. Era invierno, después de todo.

El artículo original se titula «Harnessing Heat Beyond 200°C fromUnconcentrated Sunlight with NonevacuatedTransparent Aerogels» y se puede encontrar en: ACS Nano 2019, 13, 7, 7508–7516

(1) Aerogel: Sustancia coloidal similar a los geles más habituales, donde se sustituye el líquido de los geles por un gas, proporcionando un material muy poco denso, pero extraordinariamente resistente tanto al calor como a la tensión. Se pueden hacer de varios compuestos base, pero en este artículo, su base principal es el Silicio, debido a las propiedades ópticas que se alcanzan.

(2) Así lo traduje yo. EL artículo en inglés habla de «Greenhouse selectivity».

(3) Cristales fotónicos: Estructuras de tamaño nanométrico que alteran la reflectividad y transmisión de la luz a través suyo debido a su pequeño tamaño. en la Wikipedia en inglés: Photonic Crystal.